بررسی بیوانفورماتیکی و بیان خانواده ژنی SnRK2 در گیاه جو

تنش‌های غیرزیستی از مهم‌ترین عوامل محدود ‎کننده‌ی عملکرد گیاهان زراعی و پروتئین کینازهای SnRK2 از تنظیم‎کننده‌های کلیدی پاسخ گیاهان به تنش‌های غیرزیستی می‌باشند. با توجه به اهمیت اقتصادی، سطح زیر کشت و تحمل گیاه جو به تنش‌های غیرزیستی، در این تحقیق اعضای خانواده‌ی SnRK2 در گیاه جو شناسایی و مورد بررسی قرار گرفته‌اند. به‎همین منظور توالی‌های حفظ شده خانواده SnRK2 در پایگاه‌های اطلاعاتی مختلف همچون NCBI و پروژه ژنوم جو، با ابزار tBLASTn در بین توالی‌های ثبت شده برای گیاه جو جستجو شدند. در نتیجه 10 عضو یافت شدند HvSnRK2.1) تا HvSnRK2.10) که 8 عضو آن تاکنون گزارش نشده بودند. اعضای خانواده‌ی SnRK2 جو با اعضای این خانواده در آرابیدوپسیس و برنج همردیف و درخت فیلوژنتیک رسم شد. تعیین جایگاه کروموزومی، آنالیز پروموتر و تعریف ساختار ژن‌ها انجام شد و الگوی بیان هر ژن در اندام‌ها، تیمارها و ارقام مختلف بر اساس داده‌های ریزآرایه مورد بررسی قرار گرفت. نیمی از اعضای این خانواده روی کروموزوم 2 و بقیه روی کروموزوم‌های 1، 4، 5 و 6 قرار داشتند. تعداد اینترون در اعضای این خانواده از صفر تا 8 متغیر بود. 19 نوع عامل سیس شامل عوامل مؤثر در پاسخ به تنش‌های غیرزیستی، بر روی پروموتر اعضای خانواده ژنی HvSnRK2 شناخته شد. بیان ژن HvSnRK2.6 توسط خشکی، شوری و سرما القا شده و به‎نظر می‌رسد در انتقال پیام این تنش‌ها و ایجاد تحمل به آنها نقش مهمی ایفا کند. امید است بتوان از این ژن برای اصلاح و دست‌ورزی گیاهان در جهت تحمل به تنش‌های غیرزیستی به‎ویژه خشکی بهره برد.